يعتبر العلاج الجيني واحد من أهم الإكتشافات الحديثة، والتي أحدثت تطوراً كبيراً في مجال الطب والصيدلة من خلال علاج العديد من الأمراض التي لم تعالج من قبل، ولكن على الرغم من أهمية هذه التقنية الجديدة في العلاج، إلا أنه هناك عدة أخطار

1- أخطار تتعلق بتطبيقات الهندسة الوراثية في النبات والحيوان والأحياء الدقيقة، إضافة لذلك بعض الحيوانات المحورة وراثياً تحمل جينات غريبة يمكن أن تعرض الصحة البشرية للخطر.

2- أخطار تتعلق بالمعالجة الجينية من النواحي التالية:
-النقل الجيني في الخلايا الجرثومية التي ستولد خلايا جنسية لدى البالغين( حيوانات منوية وبويضات)، ذلك لأن التلاعب الوراثي لهذه الخلايا يمكن أن يولد نسلاً جديداً ضائع النسب.
-الدمج الخلوي بين خلايا الأجنة في الأطوار المبكرة.
-احتمالية الضرر أو الوفاة بسبب الفيروسات المستخدمة في النقل الجيني.
-الفشل في تحديد موقع الجين على الشريط الصبغي للمريض، يمكن أن يسبب مرض أشد خطورة.
-احتمال أن تسبب الجين المزروعة مرض سرطاني.
-استخدام المنظار الجيني في معالجة الأجنة قبل ولادتها يؤدي إلى مضاعفات على حياة الأم والجنين.
-استخدام العلاج الجيني في صنع سلالات تستخدم في الحروب البيولوجية المدمرة.
على الرغم من الٱمال المعولة على العلاج الجيني لعلاج العديد من الأمراض الا أنه يحمل مجموعة من المخاطر والتي يجب أخذها بعين الإعتبار.