في القرن التاسع عشر تم اكتشاف الخلايا الجذعية لأول مرة في الحيوانات، حيث لوحظت قدرة بعض الخلايا على التكاثر والتمايز إلى أنواع مختلفة من الخلايا.

وفي أوائل القرن العشرين اكتُشفت الخلايا الجذعية في النباتات، وبدأت الأبحاث الأولية لفهم دورها في نمو النبات وتجدده.

وشكل القرن العشرين ثورة في فهم الخلايا الجذعية، بدأت الأبحاث تركز على دور الخلايا الجذعية في تكوين الأورام وتجديد الأنسجة، في منتصفه.

وفي نهاية القرن العشرين، تحديداً في عام1981 تم عزل الخلايا الجذعية الجنينية لأول مرة من الفئران، مما فتح آفاقاً جديدة للبحث. 

وفي عام 1998، كان أول استنباط ناجح للخلايا الجذعية الجنينية البشرية من قبل الدكتور جيمس تومسون وزملاؤه.

فقد شهد عام 2006 تطوير وسط خالي من المواد الحيوانية لثقافة الخلايا الجذعية الجنينية البشرية.

وفي 2007 بدأت التجارب السريرية الأولى باستخدام الخلايا الجذعية الجنينية البشرية.

وفي 2012، حصل الدكتور شينيا ياماناكا وجون جوردون على جائزة نوبل لاكتشافهما طريقة لإعادة برمجة الخلايا الجسدية البالغة إلى خلايا جذعية جذعية.

وفي 2014، استخدام تقنية كريسبر-كاس9 لتحرير الجينوم في الخلايا الجذعية الجنينية البشرية.

وشهد عام 2017 تطورات أخرى في مجال الخلايا الجذعية الجنينية البشرية، مثل تحسين كفاءة استنباطها وتمايزها.

واستمرت الأبحاث والدراسات عن هذه الخلايا حتى هذه اللحظة، لتشكل هذه الأبحاث نقلةً نوعيةً في مجال العلاج بالخلايا الجذعية.